🌶ProGastro: Клиническая практика

🧬 Рубрика «Лексикон Пракселя» Геном — это инструкция к одному конкретному организму (например, к человеку или к одной бактерии E. coli). Мы собираем пазл из 3 миллиардов пар оснований одного человека или одной бактерии. Это линейная инструкция. Мутацию в гене CFTR найти легко — она в конкретном локусе. 📚 Метагеном — это библиотека, где свалены в кучу все книги сразу от всех жильцов многоквартирного дома (микробиоты кишечника). Мы читаем их все одновременно, не расставляя предварительно по полочкам. 🔬 Геномика: мы берем чистую культуру одного микроорганизма, выращенную в чашке Петри, и секвенируем его ДНК. Объект — один вид. Когда вы отправляете биопсию опухоли на генетический анализ, то вы ищете мутации в геноме пациента. Когда вы назначаете анализ кала «на дисбактериоз» или секвенирование микробиоты — вы заглядываете в метагеном, оценивая коллективную ДНК микробного сообщества. 🦠 Метагеномика: мы берем биологический образец (стул, слюна, мазок с кожи) и секвенируем всю ДНК, которая там есть. Это «геномное попурри» из сотен видов бактерий, архей, вирусов и грибов без необходимости их выращивать. Мы видим тех, кто не растет на средах, а это 99% микробиоты. Мы пытаемся собрать миллион маленьких пазлов одновременно из перемешанных кусочков. Поэтому в метагеномике есть два подхода: Ампликонное секвенирование (16S рРНК) Мы не читаем весь геном, а смотрим только на один «штрих-код» (ген 16S), общий для всех бактерий. Это как перепись населения: мы узнаем имена и фамилии жильцов, но не знаем, кто умеет готовить, а кто чинить проводку. Быстро и дешево. Полногеномное (Shotgun) секвенирование Мы режем на куски всю ДНК и читаем всё подряд. Это позволяет узнать не только «кто там?», но и «что они умеют?» (гены устойчивости к антибиотикам, синтез витаминов, продукция токсинов). Как просто объяснить пациенту: Геном человека — это список ваших врожденных талантов и рисков. Вы не можете его изменить (пока что). Метагеном — это функциональный резерв. Если ваша генетика не дала вам генов для синтеза витамина B12, их могут дать бактерии. Метагеном показывает совокупную генетическую мощность вашего «внутреннего зоопарка».